2011 m. birželio 8 d. Švietimo ir mokslo ministro įsakymu Šiaulių universitetui suteiktos teisės vykdyti kartu su kitomis institucijomis doktorantūros studijas keturiose mokslo kryptyse: filologija, vadyba ir administravimas, ekonomika, edukologija.

Remiantis naujai patvirtintų doktorantūrų reglamentais, skelbiami disertacijų tematikų ir doktorantų vadovų konkursai.

Disertacijų tematikas gali siūlyti mokslininkai arba mokslininkų grupės.

Lygiagrečiai su disertacijų tematikų konkursu yra skelbiamas ir doktorantų vadovų konkursas. Šiame konkurse gali dalyvauti tik mokslininkai, kurie atitinka ne žemesnius kaip vyresniojo mokslo darbuotojo reikalavimus, dalyvauja doktorantūros procese bei tarptautinėje mokslinėje-ekspertinėje veikloje.

Kiekvienos mokslų krypties doktorantūroje konkursų sąlygos skiriasi. Detali informacija ir sąlygos apie konkrečios mokslo krypties doktorantūros disertacijų tematikų ir doktorantų vadovų konkursą  yra pateikiama žemiau: