Gamtinėse ekosistemose ir antropogenizuotoje aplinkoje vykstančių ekologinių procesų bei biologinės įvairovės tvarumo vertinimas ir modeliavimas kintančio klimato sąlygomis:

• Atmosferos bioaerozolių (žedadulkių ir sporų) identifikavimas, pokyčių tyrimas ir modeliavimas.
• Klimato kaitos poveikis augalų žydėjimo fazėms.
• Dekoratyvinių augalų dauginimo ir auginimo technologijų kūrimas, introdukcijos ir patologijos tyrimai.
• Dekoratyvinių augalų natūralizacija ir poveikis natūralioms ekosistemoms.
• Gamtinių ekosistemų ir antropogenizuotos aplinkos biologinės įvairovės tvarumo tyrimai.
• Stambiųjų žinduolių apsauga, ekologija ir priimtinumas visuomenėje.

Visuomenei prieinamos Aplinkotyros katedros mokslininkų konsultacijos šiais moksliniais klausimais:

• Fitopatologijos (augalų ligų);
• Entomologijos (vabzdžiai-kenkėjai);
• Agrocheminių dirvožemio tyrimų;
• Miškininkystės (ypač privatūs miškai);
• Aplinkos apsaugos;
• Palinologijos (mėginių paėmimas, paruošimas ir žiedadulkių atpažinimas);
• Dendrologijos (sumedėję augalai);
• Senųjų parkų ir dvarų miškų istorijos;
• Sausumos stuburinių gyvūnų rūšių ir jų biologijos;
• Etologijos (gyvūnų elgsenos ypatybės);
• Stuburinių gyvūnų lietuviškų pavadinimų;
• Augalininkystės (augalų auginimo technologijos);
• Augalų patologijos ir apsaugos (augalų apsaugos nuo ligų ir kenkėjų);
• Mikrobiologijos (aplinkos ir augalų mikroorganizmai);
• Ekologinės ir tausojančios žemdirbystės.