Aplinkotyros katedra įkurta 2000 metais Fizikos ir matematikos fakultete. Pagrindinė katedros susiformavimo prielaida buvo naujos biomedicinos mokslų studijų srities studijų programų vykdymas Šiaulių universitete. Pirmoji Aplinkotyros katedros vedėja buvo prof. habil. dr. Vida Motiekaitytė. Jos pastangų dėka buvo suburtas katedros kolektyvas, sukurta mokslo ir studijų aplinka. Vadovaujant prof. habil. dr. Vidai Motiekaitytei, buvo pradėti nuolatiniai aeropalinologiniai stebėjimai, kurių pagrindu šiandien Šiaulių universitete vykdomi Europinio lygio mokslo projektai.

Nuo 2005 m. Aplinkotyros katedra priklauso naujai įkurtam Gamtos mokslų fakultetui. Nuo tų pačių metų katedrai vadovauja doc. dr. Ingrida Šaulienė. Katedra išplėtė studijoms reikalingų laboratorijų skaičių, jos buvo aprūpintos šiuolaikine įranga. Per šį laikotarpį išsiplėtė socialinių partnerių ratas. Abipusiai naudingas bendradarbiavimas su Šiaulių urėdija, Šiaulių miesto savivaldybe, Pakruojo seniūnija, kitomis valstybės institucijomis ir verslo subjektais leidžia nuolat gerinti studijų programas, siekiant patenkinti Europos darbo rinką.

Pastarasis penkerių metų laikotarpis buvo naujas Aplinkotyros katedros raidoje dėl intensyvėjančių mokslinių tyrimų ir labai sustiprėjusio dėstytojų tarptautinio bendradarbiavimo. Aplinkotyros katedroje suburti geriausi savo srities mokslininkai, tokie kaip prof. habil. dr. Z. Dabkevičius, prof. dr. R. Daubaras, doc. dr. Z. Gudžinskas ir kiti. Jaunieji dėstytojai - L. Veriankaitė, M. Kazlauskas, A. Malciūtė 2010 metais baigė studijas doktorantūroje ir sėkmingai apsigynę daktaro disertacijas įsiliejo į mokslininkų ratą.

2010 metais Aplinkotyros katedra yra sukaupusi pakankamą mokslo tyrimų bazę ir puikų kolektyvą, kurio komandinio darbo dvasia, susitelkimas siekant tikslų bei entuziazmas buvo ir yra pagrindinis raktas į sėkmę.